今まで、大きな地震に対して工場が被害を受けていないので、
多大な費用をかけて、本当に耐震性の確認や対策検討を
進める必要があるのか？

必要です。
平成になって以降、「阪神淡路大震災」、「東日本大震災」、「熊本地震」といった、震度7の大きな地震が発生していますが、幸いにして震源直下付近でない地域では、そこまでひどい地震被害は受けていないものと考えられます。

一般の建物は、震度５強程度では建物は倒壊しないレベルの強度を有していると考えられています。しかし、もし工場の直下付近で震度６強以上の大地震が発生したとしたら、それは「今まで経験したことのない大地震」であり、その時に工場が安全である可能性は誰にもわかりません。
耐震診断は、「もし震度6強以上の大地震が発生したとしたら」を想定したもので、今まで経験していないだけである、とご認識頂く必要があります。