システム建築メーカーやゼネコン(建設会社)に
直接見積もり依頼した方が安くなる気がします。
いまいち、商社を仲介させるメリットがよくわからないです。

直接ご依頼された方が安くなる場合もあると思います。
ゼネコンも工事の規模や用途により、得意とするものもあり、その選定だけでもコスト削減になる場合もあります。システム建築は大きな買い物なので、事業主様は相談できる中立的な窓口を潜在的に求めていると思います。

製造メーカーは比較情報に基づいて中立的な情報を発信することはできない宿命にあるので、そこを商社として、「比較情報に基づく中立性」の立場から提案させていただき、最適なものをご提案させていただければ、金額に納得いただいけれると存じます。